Оперный жанр был главным в творчестве Кирилла Молчанова. Среди его произведений – оперы "Ромео, Джульетта и тьма", "Неизвестный солдат", "А зори здесь тихие". Композитор – автор балета "Макбет", телебалета "Три карты", которые с успехом шли на многих отечественных сценах. Музыка Молчанова очень мелодична, в ней сочетаются народные традиции и современные ритмы. Ему принадлежат также инструментальные произведения, вокальные циклы на стихи русских и зарубежных поэтов, музыка к драматическим спектаклям и фильмам.