В соавторстве с братом Аркадием Стругацким написал научно-фантастические романы "Трудно быть богом", "Понедельник начинается в субботу", "Улитка на склоне", "Пикник на обочине", "Страна багровых туч", "Далекая радуга". Каждое их произведение переиздано десятки раз. По книгам поставлены кинофильмы "Сталкер" (1979), "Чародеи" (1982), "Искушение Б" (1985), "Письма мертвого человека" (1986), "Обитаемый остров" (2008) и др. В честь братьев Стругацких созданы многочисленные фан-клубы, осуществлен масштабный издательский проект "Время учеников", учреждены АБС-премия и премия "Бронзовая улитка". После кончины брата Борис Стругацкий опубликовал несколько произведений под псевдонимом С. Витицкий, печатался в журнале "Звезда". Под псевдонимом вышли его романы "Поиск предназначения, или Двадцать седьмая теорема этики" (1994-1995) и "Бессильные мира сего" (2003). Лауреат Государственной премии РСФСР (1987), премии Президента РФ в области литературы и искусства (2002), ежегодной премии В. Высоцкого "Своя колея" (2003).