Знания Леонтия в области математики удивляли многих. При личной встрече он произвел на Петра I очень сильное впечатление своим незаурядным умственным развитием. В знак почтения и признания достоинств ему была жалована фамилия Магницкий. В 1701 году по распоряжению Петра I он был назначен преподавателем математико-навигацкой школы. В 1703 году педагог составил первую в России учебную энциклопедию по математике "Арифметика, сиречь наука числительная. С разных диалектов на славенский язык переведенная и во едино собрана, и на две книги разделена". Книга вышла тиражом 2400 экземпляров. Как учебник она более полувека употреблялась в школах, благодаря научно-методическим и литературным достоинствам, доступности учебного материала. М. Ломоносов называл ее "вратами учености". Магницкому царским указом было пожаловано дворянство. В 1715 году в Петербурге была открыта Морская академия, куда было перенесено обучение военным наукам, а в московской Навигацкой школе стали учить только арифметике, геометрии и тригонометрии. С 1732 года и до последних дней своей жизни Магницкий являлся ее руководителем.